Conforme estatuto do SINDJUFE, modificado no seu 3º Congresso Estadual, realizado em março 2011, o Conselho de Representantes, assim como a Diretoria Geral, Conselho Fiscal e Conselho de Ética constituem o sistema diretivo deste sindicato.
O Conselho de Representantes é um Órgão constituído por representantes eleitos em município onde exista órgão do Poder Judiciário Federal. No interior do estado a composição do conselho será de um titular e um suplente por território de identidade combinado com a existência de varas e zonas eleitorais a ser estipulado pela Diretoria Geral do SINDJUFE. Em Salvador, o conselho será composto por três servidores de cada órgão do Poder Judiciário Federal.
Ao Conselho de Representantes, compete:
Conselho Fiscal
O Conselho Fiscal é composto de três membros efetivos e três suplentes. Os membros do Conselho Fiscal são eleitos pelo voto direto e secreto, através de inscrição nominal individual, não existindo formação de chapas, considerando-se eleitos aqueles com a maioria dos votos, num total de seis membros, entre efetivos e suplentes.
Todos os membros do Conselho Fiscal efetivos têm igual direito de voz e voto nas decisões, funcionando em regime colegiado. Os titulares e suplentes se reunirão a cada quadrimestre, e extraordinariamente, sempre que convocados pela Diretoria Geral ou por, pelo menos, dois conselheiros titulares.
Ao Conselho Fiscal compete:
A eleição para os Conselhos deverá ocorrer juntamente com a eleição da Diretoria Geral.